Intracellular spatial transcriptomic analysistoolkit (InSTAnT)

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Review/Paper
출처: https://www.nature.com/articles/s41467-024-49457-w PROBLEM STATEMENT"colocalization" 즉, 두 gene의 RNA들이 세포 안에서 서로 가까이 위치하는 경향이 있는가?1. PP testProximal Pair test를 통해 한 cell 안에서 gene A와 B의 transcript pair가 거리 d 이내에 있는 경우가 우연히 기대되는 것보다 많은지 확인한다. 단, 단순히 거리 d 이내에 있는 경우의 수를 세는 것이 아니라, 그 cell 자체의 spatial density를 null background에 반영해 비교한다. 이는 cell마다 크기도 다르고, RNA density도 다르고, transcript 수 자체도 다르기 때문이..